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航空運務系之課程設計與規劃完全參酌航空公司運輸服務、機場、貨運運務與企劃行政作業之專業項目而制定,為增加畢業生職場競爭力,另參酌交通類公職考試科目,其主要目的即為期許未來本系學生能於在學階段即已具備投入民航產業服務之競爭力,並期以能讓本系畢業生具備不斷創新發展之動能,永續創造民航專業科學之應用價值。航空運務系學士班之課程設計與規劃最低畢業總學分規定為132學分,必修課程中,校訂課程計9科目共24學分,核心專業必修課程計21科目共63學分。此外,另規劃專業選修課程計37科目共109學分。於三年級規劃專業課程模組,包含企劃行政模組與客貨作業模組,各規劃專業課程計5科目14學分。此外,亦已與國立高雄餐旅大學簽訂教學合作協議,規劃國際航空運輸協會(International Air Transport Association, IATA)專業訓練課程在本校開授,此為日後發展之特色項目。